Các chương trình tiến sĩ tại CEU là các chương trình học được tài trợ đầy đủ với thời gian tiêu chuẩn là 4 năm và cấp bằng của Hoa Kỳ và Áo. Chương trình tiến sĩ không có các chuyên ngành xã hội học và nhân chủng học riêng biệt—cả hai ngành đều được tích hợp. Sinh viên được khuyến khích tiến hành nghiên cứu thực nghiệm bằng nhiều phương pháp khác nhau, tuy nhiên, các phương pháp tiếp cận dựa trên lý thuyết bao gồm chương trình nghị sự trí tuệ rộng rãi được ưu tiên.