Tiến sĩ về Tin sinh học

Chung

Chương trình mô tả

Giới thiệu

Sinh học là một khoa học liên ngành tại các giao diện của khoa học sinh học, thông tin và tính toán, sử dụng tính toán để hiểu rõ hơn về sinh học. Thông tin sinh học liên quan đến phân tích dữ liệu sinh học, đặc biệt là chuỗi DNA, RNA và protein. Lĩnh vực thông tin sinh học đã có sự tăng trưởng bùng nổ bắt đầu từ giữa những năm 1990, chủ yếu là do Dự án Hệ gen Con người và bởi các tiến bộ nhanh chóng trong công nghệ sắp xếp DNA. Các công nghệ gần đây và mới tạo ra các bộ dữ liệu sinh học tăng cường độ phân giải mà không chỉ hiển thị trình tự gen mà còn RNA và độ phong phú protein, sự tương tác của chúng với nhau, địa hoá subcellular của chúng, và nhận dạng và sự phong phú của các phân tử sinh học khác. Điều này đòi hỏi sự phát triển và áp dụng các phương pháp tính toán phức tạp. Sinh học thông tin sử dụng các phương pháp tính toán để phân tích các mô hình dữ liệu sinh học và tạo ra các mô hình phức tạp của hoạt động sinh học, bao gồm các nỗ lực để làm sáng tỏ các chức năng của gen và tương tác của chúng trong Pathways di truyền. Các lợi ích xã hội rộng rãi được mong đợi từ việc khai thác sự giàu có của kiến ​​thức mới liên quan đến cơ chế di truyền của cuộc sống và các quá trình liên quan.

Phân tích thông tin sinh học chủ yếu tập trung vào ba loại bộ dữ liệu lớn có sẵn trong sinh học phân tử: cấu trúc phân tử, trình tự bộ gen, và kết quả của các thí nghiệm về gen hệ gen chức năng (ví dụ dữ liệu biểu hiện). Thông tin bổ sung bao gồm văn bản các bài báo khoa học và dữ liệu về mối quan hệ từ Pathways hóa, các loại phân loại, và các mạng tương tác protein-protein. Tin sinh học sử dụng một loạt các kỹ thuật tính toán bao gồm sắp xếp chuỗi và kết cấu, thiết kế cơ sở dữ liệu và khai thác dữ liệu, hình học phân tử, xây dựng cấu trúc phân tử, dự đoán cấu trúc protein và chức năng, tìm kiếm gen, và cụm dữ liệu biểu hiện. Trọng tâm là các phương pháp kết hợp nhiều phương pháp tính toán và các nguồn dữ liệu không đồng nhất.

Mục tiêu chính của chương trình Tiến sĩ về Tin sinh học tại khuôn viên quốc tế Kish là đào tạo thế hệ tiếp theo của các nhà sinh vật học tính toán cho sự nghiệp trong học viện, ngành công nghiệp và chính phủ.

Chương trình Tiến sỹ

Tiến sĩ Tin sinh học đòi hỏi phải hoàn thành 32 tín chỉ, một loạt các khóa học cốt lõi (9 tín chỉ), một buổi hội thảo (1 tín chỉ) và 8 tín chỉ của các môn tự chọn và luận án tiến sĩ (18 tín chỉ). Trọng tâm chính của chương trình là hoàn thành thành công dự án nghiên cứu độc lập và độc lập được viết và bảo vệ như là một luận văn.

Kỳ thi toàn diện

Kỳ thi toàn diện sẽ được tiến hành nhiều nhất vào cuối học kỳ 4 và được yêu cầu trước khi sinh viên có thể bảo vệ đề xuất tiến sĩ. Sinh viên sẽ có hai cơ hội để vượt qua kỳ thi toàn diện Tiến sĩ. Nếu học sinh được đánh giá là "không đạt yêu cầu" trong lần thi đầu tiên của mình thì học sinh có thể thi lại vòng loại một lần. Thất bại thứ hai sẽ dẫn đến việc chấm dứt chương trình. Kỳ thi toàn diện được thiết kế để đảm bảo rằng học sinh bắt đầu sớm lấy được kinh nghiệm nghiên cứu; nó cũng đảm bảo rằng học sinh có tiềm năng tiến hành nghiên cứu tiến sĩ.

Tiến sĩ đề nghị

Đề xuất của tiến sĩ phải bao gồm các mục tiêu cụ thể, thiết kế nghiên cứu và các phương pháp, và đề xuất công việc và thời gian. Ngoài ra, đề xuất cũng phải có một thư mục và, dưới dạng tài liệu đính kèm, bất kỳ ấn phẩm / tài liệu bổ sung. Học sinh phải bảo vệ đề xuất luận án của mình cho ủy ban của họ trong một kỳ thi miệng.

LUẬN ÁN

Một sinh viên nên chọn một cố vấn luận án (và một hoặc hai đồng sự cố vấn nếu cần) trong năm đầu tiên của chương trình tiến sĩ, được sự đồng ý của Ban Khoa học. Trong năm thứ hai, một ủy ban luận án đề xuất bởi các cố vấn bên cạnh đề xuất của tiến sĩ nên được bàn giao để phê duyệt. Hội đồng luận án cần bao gồm ít nhất 5 giảng viên. Hai thành viên của ủy ban luận án nên đến từ các trường đại học khác ở cấp phó giáo sư. Không muộn hơn cuối học kỳ thứ 5, học sinh phải trình bày và bảo vệ một đề nghị tiến sĩ bằng văn bản.

Tiến độ nghiên cứu

Một sinh viên được yêu cầu phải họp với ủy ban luận án của mình ít nhất mỗi năm một lần để xem xét tiến bộ nghiên cứu. Vào đầu mỗi năm theo lịch của trường đại học, mỗi học sinh và cố vấn của học sinh phải nộp một đánh giá đánh giá về sự tiến bộ của học sinh, phác hoạ các thành tích và kế hoạch năm trước cho năm hiện tại. Hội đồng luận án xem xét những tóm tắt này và gửi cho học sinh một lá thư tổng kết tình trạng của họ trong chương trình. Học sinh nào không đạt được tiến bộ thỏa đáng thì sẽ sửa lại bất kỳ thiếu sót nào và chuyển sang giai đoạn tiếp theo trong vòng một năm. Việc không làm như vậy sẽ dẫn đến việc sa thải khỏi chương trình.

PhD DISSERTATION

Trong vòng 4 năm sau khi tham gia chương trình tiến sĩ, học sinh được yêu cầu hoàn thành nghiên cứu luận văn; học sinh phải có kết quả của nghiên cứu được chấp nhận hoặc xuất bản trong các tạp chí chuyên khoa. Khi đưa ra một luận án bằng văn bản và bảo vệ công chúng và phê duyệt bởi ủy ban, sinh viên được trao bằng tiến sĩ. Bảo vệ sẽ bao gồm (1) trình bày luận văn của sinh viên sau đại học, (2) hỏi ý kiến ​​của khán giả nói chung, và (3) đóng câu hỏi của ban luận án. Học sinh sẽ được thông báo về kết quả thi khi hoàn thành cả ba phần của cuộc bào chữa. Tất cả các thành viên của ủy ban phải ký báo cáo cuối cùng của ủy ban tiến sĩ và phiên bản cuối cùng của luận án.

Điểm trung bình tối thiểu là 16 trên 20 phải được duy trì để tốt nghiệp.

Các khóa học trình độ (không áp dụng với bằng cấp)

Tiến sĩ về Tin sinh học nhận bằng thạc sỹ về các lĩnh vực có liên quan. Tuy nhiên, sinh viên giữ bất kỳ bằng thạc sĩ khác bên cạnh sẽ được yêu cầu để hoàn thành một vài trong số các khóa học sau đây san lấp mặt bằng được thiết kế để cung cấp một nền cho các khóa học tiến sĩ. Các khóa học san lấp mặt bằng này không được tính cho tín chỉ sau đại học đối với tiến sĩ về Tin sinh học.

San lấp mặt bằng các khóa học: Tối đa 3 khóa học; 6 tín chỉ

Các khóa học cốt lõi: Cần có 4 khóa; 10 tín chỉ

Các môn tự chọn: 4 môn học bắt buộc, 8 tín chỉ

Mô tả khóa học

Tin sinh học tiên tiến

Nội dung khóa học:
Giới thiệu sinh học phân tử, cơ sở dữ liệu sinh học, xử lý các trình tự sinh học với MATLAB, tương đồng tuần tự, sự sắp xếp protein, sắp xếp nhiều trình tự, các công cụ sắp xếp, các phương pháp sinh học, các trình tự tuần tự, các mô hình tiếp theo, các mô hình gen, giới thiệu về tái tạo thể hình, -Based Methods, các phương pháp dựa trên ký tự: Sự phân biệt, các phương pháp xác suất: Khả năng tối đa, Microarrays, Matlab

Các thuật toán trong tin sinh học

Nội dung khóa học:
Giới thiệu về Sinh học phân tử, Tính tương tự, Suffix Tree, Genial Alignment, Tìm kiếm cơ sở dữ liệu, Phân định nhiều trình tự, Phylogeny Reconstruction, Phylogeny Comparison, sắp xếp lại Genome, Tìm Motif, RNA Prediction Prevention, Peptide Sequencing, Genetics Population

Tin sinh học cấu trúc

Nội dung khóa học:
Hạn chế mô hình hóa phân tử, Xác định tin sinh học và cấu trúc, Các nguyên tắc cơ bản của cấu trúc protein, Tìm kiếm và lấy mẫu trong cấu trúc, Phương pháp tìm kiếm, Phân tích và giảm dữ liệu, Hình ảnh phân tử

Vi tính học tính toán

Nội dung khóa học:
Giới thiệu, khái niệm về dịch tễ học di truyền học, tích hợp các phân tích liên kết và dữ liệu trình tự thế hệ tiếp theo, bản đồ QTL về các đặc tính phân tử để nghiên cứu các bệnh phức tạp của con người, sự quan tâm tái tạo trong mẫu haplotype từ marker di truyền đến dự đoán gien, các phương pháp phân tích đối với dữ liệu trình tự exome, trong các cá nhân không liên quan, sao chép gen và các hệ quả của chức năng, từ GWAS đến trình tự thế hệ tiếp theo về các bệnh phức tạp của con người Các hàm ý cho Y học Chuyển đổi và Điều trị

Mô hình hoá trao đổi chất

Nội dung khóa học:
Metabolon tổng hợp kỹ thuật từ mô hình hoá chuyển hóa sang thiết kế hợp lý của các thiết bị tổng hợp, Xây dựng sterol tổng hợp có tính toán mở khóa bí mật của tiến hóa? , Đặc tính của Sucrose Vận chuyển thông qua Sucrose Specific Porin Scry Nghiên cứu bởi mô phỏng động lực học phân tử, Solver nhanh cho điện sinh học tiềm ẩn của Biomolecules, Thiết kế dựa trên mô hình của Microreactors Sinh hóa, Underpinning sinh học tinh bột với các nghiên cứu in vitro về các enzyme carbohydrate hoạt động và glycomaterials tổng hợp, Compartmentalization và vận chuyển trong các chai tổng hợp, các tiêu chuẩn về chất chuyển hóa và mô hình trao đổi chất cho sinh học tổng hợp trong thực vật, có phải là dự đoán phù hợp với bằng chứng thực nghiệm? , Tối ưu hóa chế sản xuất của Glucoraphanin Tiền thân Dihomomethionine trong Nicotiana benthamiana, peptide tổng hợp như Mimics Protein, giàn giáo Protein tổng hợp Dựa trên Peptide họa tiết và cùng nguồn gốc Adaptor Tên miền cho Cải thiện chuyển hóa năng suất, Kỹ thuật của trao đổi chất Pathways bởi kênh enzyme nhân tạo

Mô hình hóa sinh học hệ thống

Nội dung khóa học:
Khái niệm cơ bản về sinh học, các nguyên tắc cơ bản của mô hình toán học, hiệu chuẩn mô hình và thiết kế thí nghiệm, mô hình hoá các quá trình di động, chuyển đổi enzym, quá trình polyme hóa, truyền dẫn tín hiệu và các hệ thống điều khiển di truyền, phân tích các mô-đun và mô phỏng, các phương pháp tổng quát của phân tích mô hình, trong mạng di động, phân tích các mạng di động, kỹ thuật trao đổi chất, đặc điểm tô pô

Khai thác dữ liệu nâng cao

Nội dung khóa học:
Giới thiệu về Khai thác dữ liệu trong Tin sinh học, Đánh giá và ứng dụng trong các phương pháp tin sinh học Các phương pháp và thực tiễn của việc kết hợp nhiều hệ thống chấm điểm, trình diễn chuỗi trình tự DNA, Proteomics với Phép đo khối lượng, Phân tích hiệu quả và mạnh mẽ của các Bộ dữ liệu Phylogenetic Lớn, Các khía cạnh Thuật toán của Protein Threading, Các công thức cho dữ liệu di truyền không đồng nhất, các kỹ thuật phân cụm không liên hợp cho phân tích biểu hiện gien, lựa chọn chung gien phân biệt đối xử cho phân loại phân tử của ung thư, một hệ thống phân tích haplotype cho các gen Khám phá các bệnh thông thường, khung công tác Bayesian để cải thiện sự xếp loại chính xác của các trình tự protein

Học máy

Nội dung khóa học:
Tại sao chúng ta quan tâm đến việc học máy, thống kê học máy và phân tích dữ liệu, nhận dạng mẫu, mạng nơ ron và học tập sâu, học tập các nhóm và các khuyến nghị, Học cách hành động, chúng ta đi đâu đây?

Thiết kế thuốc hỗ trợ máy tính

Nội dung khóa học:
Cơ học lượng tử và Cách tiếp cận cơ học phân tử, Hệ thống kim loại chuyển tiếp, mô hình tương tác Protein-Protein bởi cơ thể cứng, mô hình hóa QM, hiện trạng và tương lai
Cập nhật lần cuối Tháng 3 2020

Giới thiệu về trường

Kish International Campus was established in 2007 in order to facilitate the enrolment of foreign students.

Kish International Campus was established in 2007 in order to facilitate the enrolment of foreign students. Đọc ít hơn